kilativ (kilativ) wrote,
kilativ
kilativ

Category:

Немножко поподробнее про мою работу

Когда я писал о результатах нашего проекта, у меня не было на руках красивой картинки, чтобы проиллюстрировать предполагаемую модель. Теперь я хочу исправить недостаток.


Согласно нашей модели, РНК полимераза (фермент, который синтезирует РНК) эффективно синтезирует РНК ровно до того момента, пока на пути движения не попадется поврежденный участок ДНК, который физически блокирует дальнейшую реакцию синтеза (верхняя панель). Повреждения могут возникать в результате облучения ультрафиолетом, взаимодействия с различными химическими модификаторами ДНК итд. Предполагается, что РНК полимераза постоянно связана с транскрипционным фактором NusA.

Как только РНК полимераза останавливает синтез из за повреждения матричной ДНК, с молекулой фермента связывается хеликаза UvrD и начинает толкать РНК полимеразу назад (средняя панель). Надо пояснить, что для прогрессивного движения назад нужен димер (две одинаковых молекулы) UvrD, а иначе ничего не получится. Есть подозрения, чтио мономер UvrD с РНК полимеразой связан постоянно, а вот вторая молекула связывается преимущественно во время стресса, вызванного массовым повреждением ДНК. Именно в это время начинается массовый синтез дополнительных молекул UvrD. С другой стороны NusA помогает молекуле РНК полимеразы эффективно связаться с димером UvrD.

Отодвинув РНК полимеразу назад, димер UvrD не только высвобождает участок поврежденной ДНК от молекулы РНК полимеразы, которая иначе бы мешала ремонту, но и привлекает в точку повреждения остальных участников ремонтного процесса - UvrA, UvrB и UvrC (нижняя панель). Из литературы известно, что UvrD взаимодействует напрямую с UvrВ, а NusA -с UvrА, тем самым ускоряя процесс починки. Вслед за связыванием UvrABC комплекса, происходит вырезание поврежденной нитки ДНК, UvrD удаляет поврежденную цепочку вместе с остальными участниками процееса, а ДНК-полимераза заполняет дырку в последовательности ДНК. Завершает процесс ДНК лигаза, которая сшивает новосинтезированную нитку ДНК с уже существующей, ремонтируя однонитевые разрывы ДНК, которые оставались после ремонта.

Наша модель предполагает, что РНК полимераза является по сути дела сенсором повреждений генома. Транскрипция (синтез РНК) идет постоянно и охватывает практический весь геном. Ранее было обнаружено, что транскрипция ведется даже в тех местах, где нет генов, формируя короткие фрагменты РНК без очевидных функций. Мы предполагаем, что такая ненужная и расточительная транскрипция служит, в том числе, для проверки генома на наличие повреждений.
Tags: lab, наука
Subscribe

Recent Posts from This Journal

  • "Пропагандоны с первого всегда врут!"

    Не знаю про прочих пропагандонов, но вот мне интересно, когда и по какому поводу был пойман на вранье тот же Владимир Соловьев? Ну, к примеру, он…

  • А если правда??

  • Вспоминая героев

    Вот я представляю ужас нацистов, когда впавшая в амок русская (ну ладно, украинская, для немцев все равно) женщина начала крошить их в рукопашной…

  • Post a new comment

    Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your reply will be screened

    Your IP address will be recorded 

  • 18 comments

Recent Posts from This Journal

  • "Пропагандоны с первого всегда врут!"

    Не знаю про прочих пропагандонов, но вот мне интересно, когда и по какому поводу был пойман на вранье тот же Владимир Соловьев? Ну, к примеру, он…

  • А если правда??

  • Вспоминая героев

    Вот я представляю ужас нацистов, когда впавшая в амок русская (ну ладно, украинская, для немцев все равно) женщина начала крошить их в рукопашной…